Главный герой Стрелок. Сначала он появляется на Кордоне и ничего не знает о ситуации в Зоне. Он только что вышел из месячного отпуска, который ему дали в НИИ ЧЗА (научно-исследовательском институте Чернобыльской аномальной Зоны). И ему приходит странное письмо от сталкера Снайпера, чтобы он скорее приехал в Зону и разобрался со всеми наступившими проблемами.
Ему даётся возможность пообщаться с жителями этой деревни и выполнить пару «второстепенных квестов» (типа отдать – принести и уничтожить заставу военных, это чисто разминочные квесты). После их выполнения у героя в ПДА появится письмо от Бармена, через несколько минут от Воронина и почти одновременно от Лукаша (думаю хорошая замена вертолётов из «Зова Припяти»)! Можно пойти в любую сторону, так как все базы и бар находятся далеко друг от друга! Выполнеие этих основных заданий сюжетно взаимосвязаны и после их выполнения появится новый линейный квест, который позже тоже поделится на несколько! Итак допустим сначала мы пойдём к Бармену!
Когда придём в бар, увидим полную разруху, следы от пуль и взрывов. Бармена на месте не будет, только придётся найти письмо за его барной стойкой в голове кабана, висящей на стене. В письме будет написана просьба Стрелку разрулить несколько наступивших проблем и потом найти Бармена. Первым его заданием будет найти базу бандитов на локации «…» и по возможности решить мирно возникшую проблему.
Когда мы придём на базу бандитов, нас попросят сдать всё оружие (конечно можно вынести базу бандитов и забрать флешку у главаря, но мы поступим по другому) и подождать пол часа. В это время можно прогуляться по базе бандитов и выполнить несколько второстепенных квестов. Когда наступит время нас опять позовут через ПДА и мы на лифте спустимся в подземный бункер со связанными глазами. Когда с нас снимут повязку, Стрелок окажется в хорошо отделанной комнате с длинным столом, за которым сидят в креслах несколько человек, которые являются главарями бандитов на разных базах. Сначала мы выслушаем их и окажется, что после штурма бара они потеряли много человек и многие остались раненными. Стрелка попросят принести 5 исцеляющих артефактов и передать письмо Воронину о временном перемирии с «Долгом». Ещё будет личная просьба главаря бандитов найти связного, который после штурма бара пропал и который должен был доставить на базу важнейшую информацию. Опять с повязкой на глазах нас выводят наверх и мы отправляемся на базу «Долга», по пути помогая сталкерам попавшим в беду и ищя в аномалиях артефакты.
Прийдя на базу «Долга» нас встретит Прапор и попросит Меченого связаться с главарём вольных сталкеров и попросить о помощи поставщика. Зайдя в личный кабинет Воронина мы увидим большой блестящий герб «Долга» на стене, отделанный золотом и красным деревом и уютные мягкие диваны (комната большая) и самого Воронина за столиком средних размеров и смотрящего в книгу с названием «Зона поражения» (это пасхалка). Положив на стол книгу Воронин объяснит нам суть дела. Он сообщит об атаке на бар «100 рентген» и расскажет о странной болезни в Зоне, которой заболевают сталкеры и постепенно превращаются в мутантов.
Генерал попросит разобраться с этой болезнью или хотя бы выяснить причины её появления. В свою очередь Стрелок передаст письмо Воронину, на которое Воронин согласится и скажет Меченному, что пошлёт сам к бандитам доверенное лицо, которое прекрасно знают бандиты и ещё раз попросит разобраться с этой болезнью.
Теперь наш путь лежит на базу «Свободы». Лукаш также сообщит нам о болезни в Зоне и попросит Срелка найти странную группу сталкеров, посланную на базу «Свободы», с целью уничтожить её главаря. При том Лукаш уверен, что это не «Долг», так как бойцы действовали изящно как кошки и крайне профессионально. Все они были в маскхалатах зелёного (свободовского) цвета и навестили базу ночью. Выйдя из базы «Свободы» мы идём на поиски Бармена, который оставил подсказки по его поиску.