Конструктивно, МР-5 является не более чем уменьшенной под пистолетный патрон копией немецкой же винтовки Хеклер-Кох G3. Он унаследовал от G3 и штампованную из стали ствольную коробку с откидным вниз и отъемным модулем ударно-спускового механизма (УСМ), и полусвободный затвор с замедлением отката при помощи пары роликов. Огонь из МР-5 всегда ведется с закрытого затвора, что повышает точность и кучность стрельбы, но повышает вероятность самовоспламенения патрона в стволе при перегреве оружия. Для этого паз для рукоятки затвора (слева над стволом) имеет специальный вырез в задней части. куда можно завести рукоятку и зафиксировать тем самым затвор в заднем (открытом) положении. Это позволит стволу лучше охладиться без опасности непроизвольного выстрела. Для продолжения огня надо лишь вывести рукоятку затвора из выреза и отпустить ее, а затем нажать на спусковой крючок. УСМ МР-5 полностью аналогичен УСМ винтовки G3 и расположен в отъемном корпусе вместе с пистолетной рукояткой. ранние варианты корпуса УСМ штамповались из листовой стали, современные льются из пластика зацело с пистолетной рукояткой и спусковой скобой. Существует много разных вариантов УСМ, отличающихся возможными режимами огня (от одного - только одиночными, до трех - одиночные, очередь с отсечкой по 2 или 3 патрона, автоматический огонь), при этом замена модуля УСМ на другой требует лишь неполной разборки оружия. Аналогичным образом может быть заменен и приклад - приклады типа А2 нескладные, выполнены из пластика, приклады типа А3 - раздвижные, из стали, с резиновым затыльником. Стволы ранних моделей (НК-54, МР-5) имели двухщелевой компенсатор в дульной части, с модификаций А2/А3 ствол получил три радиальных упора для крепления быстросъемных глушителей. На варианте МР-5N, созданном по заказу ВМФ США, ствол дополнительно имеет резьбу для крепления глушителей американского стандарта. В обычном состоянии эта резьба защищена специальной втулкой. Прицельные приспособления на ранних моделях включали в себя открытую мушку и перекидной L-образный целик, на современных моделях это мушка в кольцевом намушнике и барабанный целик с набором диоптрических отверстий для разных дальностей стрельбы. Кроме того, на любом МР-5 могут устанавливаться фирменные быстросъемные крепления для оптики или иных прицельных приспособлений (ЛЦУ, ночные прицелы).