Действие игры происходит за 5 лет до бунта в Лечебнице Аркхэм. В ночь перед Рождеством преступный босс Чёрная Маска совершает побег из тюрьмы «Блэкгейт» и берет в заложники комиссара полиции — Лоуба. Бэтмен, который только два года ведет борьбу с преступностью в Готэме, отправляется туда к большому огорчению дворецкого Альфреда, желающего, чтобы Брюс хотя бы праздник провел как все нормальные люди. Чёрная Маска поднимает бунт в тюрьме и убивает комиссара Лоуба. Выясняется, что комиссар Лоуб был в сговоре с Чёрной Маской и почти все люди в его участке коррумпированы. Бэтмен гонится за ним, однако сталкивается с подручным Сиониса — Убийцей-Кроком. В ходе непродолжительной схватки, Бэтмен побеждает Крока, и выясняет, что Чёрная Маска нанял наемных убийц, для того, чтобы они убили Темного Рыцаря и сделали это за одну ночь. В тюрьму прибывает капитан Джеймс Гордон, который пытается арестовать мстителя, но безуспешно.
В Бэтпещере, Бэтмен исследует данные, которые он обнаружил в разбитом беспилотнике, и выясняет, что помимо Крока на него охотятся ещё Бэйн, Дезстроук, Дэдшот, Медноголовка, Шива, Светлячок и Электрошокер. Брюс решает найти Чёрную Маску и заставить его отозвать убийц, для этого он отправляется к Пингвину, с целью выяснить его местонахождение. Обнаружив Пингвина на его личном заброшенном лайнере, Бэтмен также сталкивается с Электрошокером, которого с лёгкостью побеждает. Позже, герою удается найти Пингвина, однако в этот момент Бэтмен подвергается нападению со стороны Дезстроука. С огромным трудом, Брюс побеждает наемника-ветерана. В тот момент Альфред сообщает ему, что Чёрная Маска найден мертвым в Лэсли-Тауэрс.
Оказавшись там, Брюс использует режим детектива для исследования места преступления, и обнаруживает, что погиб двойник Чёрной Маски, и его девушка. Также, Бэтмен обнаруживает упоминания о неизвестном ему преступнике по прозвищу «Джокер». С целью узнать больше о нём, Бэтмен отправляется в полицейский участок Готэма, чтобы подключится к их базе данных. При помощи Барбары Гордон, Бэтмену это удается, однако информации он не находит. В этот момент Альфред сообщает о ограблении Национального Банка.
Проникнув туда, Бэтмен сталкивается с Чёрной Маской, и узнает правду. Роман Сионис уже не руководит своей преступной империей. Джокер (которого Бэтмен встречает первый раз) сверг Чёрную Маску, захватил его предприятия и банду. И именно он нанял убийц. В ходе короткой стычки, Джокер убивает служащую банка. Выбравшись из банка, Бэтмен отслеживает Джокера в «Royal Hotel», где он проводил встречу с наемниками. На этой встрече Джокер убивает Электрошокера, который отказался выполнять своё задание, и приказывает остальным убийцам найти Бэтмена. Несмотря на приказ, Бэйн остается с Джокером, полагая, что Темный Рыцарь придет за ним. Бэтмен вступает с ним в бой. В ходе драки, наемнику удается сбежать. Джокера выбрасывает взрывом с крыши, однако Бэтмен его спасает, к большому недоумению первого.
В Бэтпещере, Брюс ссорится с Альфредом, который пытался убедить его бросить свою борьбу. Покинув свой дом, Бэтмен находит убежище Бэйна, и в ужасе понимает, что наемник вычислил его настоящую личность. Брюс спешит обратно, однако Светлячок устраивает на мосту теракт, и герой вынужден отправится остановить его. Бэтмен обезвреживает бомбы, и вступает в поединок с пироманьяком, в то время как Гордон обезвреживает последнюю бомбу. Уже тогда Гордон стал сомневаться о своем выводе о Темном Рыцаре.
Тем временем из Блэкгейта снова вырываются все преступники, дважды за ночь. Джокер, дождавшись Бэтмена, устроил битву на арене с участием Бэйна, к кулакам которого подсоединили генератор, и если Бэтмен не убьет Бэйна, то Джокер умрет от разряда тока. Бэтмен побеждает и при помощи электроперчаток останавливает сердце Бэйна, таким образом Тёмный Рыцарь впервые «убил». Гордон и Джозеф пошли за Джокером, а Бэтмен реанимировал его. Бэйн, проснувшись, снова продолжил бой, увеличив дозу до предела и потеряв память. Бэтмен вступает с ним в схватку и побеждает. К Бэтмену подходит Гордон и говорит, что Джокер находится в колокольне. В заключение Бэтмен находит Джокера, он явно зол, ведь таких психов ещё не встречал. В ярости Бэтмен сильно избивает Джокера, в последние моменты избиения воображение клоуна почему-то превращает Бэтмена в монстра. Избиение не помогает, и Джокер отправляется за решетку. В титрах звучит Готэмское радио с Джеком Райдером, в котором Квинси Шарп говорит, что защиты Блэкгейта недостаточно и обслуживать суперзлодеев может только психбольница Аркхэм. После титров к камере Дефстроука приходит Аманда Уоллер и предлагает выбор. Либо он вступает в «Отряд Самоубийц», либо остается гнить в тюрьме.

Игра была впервые показана 9 апреля 2013 на обложке майского выпуска журнала Game Informer в 2013 году. Разработка игры перешла к Warner Bros. Games Montreal от Rocksteady Studios. Руководителем разработки стал Эрик Холмс, известный по игре Prototype. 20 мая вышел первый официальный трейлер.